Os ecossistemas de água doce do Vale do Ribeira possuem uma fauna rica e variada.
Algumas espécies de peixes encontradas no Rio Ribeira e afluentes são: Bagremole Acentronichthys leptos; Bagre-cego Pimelodella kronei; Tapijara- Hypostomus tapijara; Cascudinho - Isbrueckerichthys epakmos; Cambeva -Trichomycterus davisi; Lambarizinho - Spintherobolus leptoura. Dentre os crustáceos de água doce são abundantemente encontrados a lagostinha do Ribeira – Macrobrachium carcinus, e o pitú - Macrobrachium acanthurus. Outras espécies típicas deste ecossistema são: o jacaré do papo amarelo- Caiman latirostris, o colhereiro- Ajaia ajaia, e a lontra Lontra longicaudis Olfers.
Curiosidade: Mais da metade do território do Vale do Ribeira é protegido legalmente por meio de um mosaico integrado de unidades de conservação marinhas e terrestres como parques, estações ecológicas, áreas de proteção ambiental (APAs), que formam uma espécie de cordão de proteção do patrimônio natural, soicoambiental, cultural, arqueológico espeleológico e histórico. Entre essas unidades de conservação pode se- citar o Parque Estadual do Alto Ribeira (Petar), o Parque Estadual da Ilha do Cardoso, o Parque Estadual de Jacupiranga e a Estação Ecológica Juréia-Itatins entre outros. Por tudo isso, é que em 1999, a Unesco conferiu à Reserva da Mata Atlântica do Sudeste, constituída por 17 muncípios do Vale do Ribeira, o título de Patrimônio Histórico e Ambiental da Humanidade, pelo fato de possuir os melhores e mais extensos remanescentes de Mata Atlântica na região sudeste do Brasil. São 470.000 ha, que revelam a riqueza biológica e evolução histórica do Bioma, além da beleza da paisagem.
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