A área do PETAR está inserida numa região climática de transição entre o clima quente das latitudes baixas e o clima temperado mesotérmico das latitudes médias, típico da região sul. O clima da área é classificado como subquente e superúmido, sem estação seca. A média anual de precipitação é de 1963,3 mm, sendo que a estação chuvosa (outubro a março) concentra 1281,5 mm e a estação mais seca (abril a setembro), 681,8 mm. As médias térmicas anuais normalmente encontram-se entre 20ºC a 22ºC. As amplitudes térmicas anuais são relativamente baixas, em grande parte devido à presença da "vizinhança" oceânica.
Na região, o clima permite o desenvolvimento da Floresta Perenifólia Higrófila Costeira, que apresenta uma fisionomia alta e densa, consequência da variedade de espécies pertencentes a várias formas biológicas e estratos. Seus elementos mais altos podem alcançar de 25 a 30 metros. O grande número de lianas, epífitas, fetos arborescentes e palmeiras dá a esta floresta um caráter tipicamente tropical.
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